从第二季开始，剧情不再像第一季每集基本只针对一案，而是有一个大主题或对手，穿插一些不同事件，这一季主要是在《治疗便秘的方法》到《天涯赤子心剧情分集介绍》期间，“九头蛇”组织重新崛起，以1945年卡特特工缴获084物品方尖碑开始，引出外星种族克里人，而后揭露沃德“九头蛇”卧底身份，再通过斯凯父母，揭露她异人族身份，斯凯也化身震波女，蕾娜化身刺猬先知女，安托万却意外去世（超伤心），后半部分故事异人族和隐藏得我“神盾局2号”也进入乱局，《让子弹飞》同时在保留上一季主团的情况下，本季加入不少新角色，包括痞子男特工亨特、黑人壮汉特工迈克、美女特工芭芭拉，后期异人电男林肯也半加入，《让子弹飞》同时凯尼格小胖子家族特工也依然活跃，神秘石也登场了，《让子弹飞》最后斯凯被迫无奈消灭了母亲。整体剧情依然精彩，反转不断，人物也都塑造的越来越棒。